最主要的是人员方面，朱珪认为周琅海寇的部队悍不畏死，纪律严明，他在火器营中重申军纪，裁汰了大量老弱，简拔了一批在剿灭白莲教起义中立下功劳的军官，但根本问题他革新不来，那就是三大火器营依然是八旗兵，主要是汉八旗。即使是嘉庆，也做不到压制旗人，招募汉人，至少在北京做不到。
朱珪亲自负责督造武器，训练士卒，他以为只要给他时间，他就能打造出一只跟周琅海寇决战的强力部队。
但在战略上，朱珪决定采守势，争取先让周琅海寇集团无法扩张。他在江淮地区驻扎重兵，认为只要他的大军压在长江边上，周琅就不敢肆无忌惮的攻击其他地方，比如湖广，或者取海路再次来打北京。
朱珪需要时间，无论是整肃吏治，还是重建军事，都需要时间。
失去了两江，断绝了漕运，压力自然有，但目前还支撑下去。乾隆年间，基本上没有遇到过大的灾害，乾隆年间人均粮食产量高达一千斤，几乎相当于新中国时期的产量。官府又控制了铸钱的铜原料，财政相对充足，每年大量采购米粮，采购数量之大，一度让朝臣将持续不断的米价攀升跟官府买粮挂钩，让乾隆决定停止了一年购粮。虽然各地府库多数亏空，但依然有不少积存，加上地主家和粮商们掌握的存粮，是一笔巨大的储备。
朱珪采取的方法是平抑粮价，严打囤积居奇，在各地大肆购粮，用官府储粮转过来继续平衡粮价，宁可官府亏损，也不要因为粮价而产生恐慌。这一套组合拳打下来，还是起到了作用的，各地粮价涨幅普遍不超过两成。
官府亏损的钱财，由查抄和珅家产得到了弥补。但相对于满清这么大个国家来说，如今又是勇兵和革除弊政时期，这些钱也不够花，朱珪的应对措施是铸钱，各地官府库房里积存了大量的铜料，连宋朝时候缺铜到只能用铁钱的四川，都有大量的铜料储备，当地督抚不止一次的要求铸钱来弥补军费。
至于大肆开铸铜钱，会不会引起银钱比例失衡，此时管不到那么多了，争取时间才是最重要的。
争取时间，守住两淮、江汉，等稳定了局势，朱珪认为还是有机会平定周琅匪患。
稳定局势的另一大方阵，就是继续镇压白莲教，由于周琅的存在，满清重兵集团不得不派驻在江汉和江淮地区，可以给川楚两地机动调用的兵力只有十万人。十万人面对动辄流传数百里，横跨几省的白莲教来说，完全不够。朱珪则命令各地勤办团练，结寨自守。整个满清的地主开始团练化了。
可这时候，明明已经结束了军事行动的周琅海寇，却突然又挑起事端，十余艘兵舰直扑武昌，炮击武昌城，马步兵四五万人登陆，竟然攻克了武昌城（武昌县城，后世的鄂州，武汉武昌此时叫江夏）。接着长江以南的湖北各地，也就是武昌府，几乎闻风而降。
短短一个月时间，坏消息不断传来，不但长江以南失陷，长江以北的汉阳府、黄州府、安陆府、德安府相继失陷，整个汉水以东丢失。湖广总督书麟因为在襄阳一带追剿白莲教，幸而未战死武汉。
之后书麟率军与贼多次野战失利，退守汉水以西，此时除了荆州、荆门州和襄阳府三地外，几乎整个湖北都沦陷了。朱珪并没有问罪书麟，而是让他戴罪立功，下了死命令，死守荆襄！
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