辉长的举动让足利义昭十分恼怒，这让他很是下不来台，于是他立刻派出使者去责备辉长。
辉长直接不见使者，那使者连上田城都没能进去就灰溜溜的回了伊豆。
足利义昭大恼，在伊豆崛越城的大殿里，足利义昭喝问道：“你们觉得这个小笠原辉长是要背叛幕府了吗？居然不听吾的号令！”
三渊藤英皱眉道：“殿下，小笠原信浓守之前并没有什么不妥的举动，您下旨废掉他的管领一职，这说不过去。”
足利义昭怒道：“一开始吾还觉得对不起他，但是现在吾已经看清楚了，他就是个奸贼，狡猾的奸贼，现在是原形毕露。
为什么撤掉他？他小笠原辉长为什么不支援吾兄长，导致吾兄长战死？”
细川藤孝低头道：“殿下，这个理由有些牵强了，这个时候，还是让关东管领出面安抚信浓守吧？”
明智光秀却是说道：“三渊様，细川様，绝不能让关东管领殿出面，此时小笠原信浓守就已经对抗幕府，难道还要继续放任他壮大吗？
在下以为，只需要关东管领殿支持殿下就可以了，上杉殿才是真心对待幕府的啊。
难道两位还没有注意到吗？小笠原信浓守到现在既没有承认三好家扶持的足利义荣，也没有承认殿下为征夷大将军，此人真是司马昭之心，路人皆知了！”
三渊藤英被说服了，在足利义辉死后，小笠原辉长的动作就有些诡异了，对于幕府的反应太过于激烈了。
足利义昭一看大家都不说话了，便说道：“那就把小笠原辉长列为朝敌，与三好长庆一样！”
很快，幕府的指令传达到四方，上杉辉虎也收到了这旨意。
上杉辉虎看到旨意的时候，大惊失色，惊讶道：“辉长様怎么被朝廷列为朝敌了？殿下身边有奸臣！”
宇佐美定满看着上杉辉虎的样子，有些后悔了，当初就应该提醒一下小笠原辉长是个有野心的人。
只是当初小笠原辉长和他之间密谋都有利于上杉家，他才引而不发，现在悔之晚矣。
他连忙说道：“主公，幕府撤掉了小笠原信浓守七国管领的职位，这让小笠原信浓守很是生气，违抗了幕府的旨意。”
上杉辉虎皱眉道：“辉长様这么忠贞的臣子，殿下为何要撤掉辉长様的职务？定时朝中有奸臣，我要去向殿下那里为辉长様辩解！”
随后上杉辉虎就启程冒险进入伊豆，抵达崛越城，面见将军足利义昭。
足利义昭见上杉辉虎不请自来，便问道：“你怎么亲自来了？这太危险了。”
上杉辉虎俯身道：“殿下，臣不知您听从谁的流言，但是臣以为，信浓守是武家栋梁，幕府忠臣，您不应该这样对待他。”
足利义昭一愣，脸色有些僵硬，不过他知道上杉辉虎是真正的忠臣，摇头道：“你还没有看出来吗？
吾只是去掉他七国管领的职务，他就反抗幕府旨意了，若是以后他的领国继续增加，恐怕就有了谋反的胆量！”
上杉辉虎连忙辩解道：“殿下，这绝无可能，您难道忘了信浓守的上洛之功了吗？”
足利义昭摇头道：“此一时彼一时，那是吾兄长生前的样子，恐怕小笠原辉长现在因为吾兄长的死，而开始肆无忌惮了！”
上杉辉虎皱眉道：“还请殿下宽恕信浓守的行为，臣会去信浓劝谏信浓守来道歉，还希望殿下允准。”
足利义昭点头道：“好吧，那你就去吧，不过他要幕府宽恕，那就得卸下美浓守护一职。”
上杉辉虎直接从伊豆乘船就到了三河，随后抵达了信浓上田城。
辉长自然不能拒绝上杉辉虎，连忙热情的接待了上杉辉虎。
上杉辉虎看向辉长道：“辉长様怎么就违抗幕府法令了呢？如此还怎么维护大义啊？”
小笠原辉长有些委屈道、“辉虎様，在下可是在东海道，北陆四处征战，只为了帮公方殿下平定叛乱。
但是殿下这无缘无故撤掉在下的职位，这让天下人如何看我？
再说了，大御所并不是只有一个弟弟，凭什么是他崛越公方继位啊？哼，这样的公方让在下寒心。”
上杉辉虎连忙说道：“公方殿下继位，是因为三渊様有大御所临死前的旨意，不然在下也就不会去支持公方殿下继位了。”
足利义辉死时并无后代，历史上的辉若丸并没有出生。
辉长摇头道：“糊涂啊，京畿不还是有周嵩殿下吗？在下已经收到消息，周嵩殿下就在六角家呢。”
上杉辉虎摇头道：“既然已经立了殿下为将军，就不宜在动摇了。”
辉长也不想和辉虎争执太多，只说道：“对于幕府，在下很是失望，现在在下唯一的心思就是平定东海道之后，上洛诛杀三好长庆为大御所报仇。”
上杉辉虎叹了口气道：“幕府那边，在下会尽力为辉长様转圜的。”
辉长点头道：“若是公方殿下执意如此，辉虎様，要以大局为重，先平定这乱世吧。”
随后上杉辉虎就从北信浓那边返回了越后，同时派出使者前往伊豆，继续请求幕府宽恕小笠原辉长。
最后足利义昭松了口，只需要辉长道歉就行，但是辉长鸟都不鸟幕府，继续我行我素。
足利义昭这边彻底将小笠原辉长认定为朝敌。
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