新疆中部横亘着天山山脉，把全疆自然划分成南北两部分，清代时一般把天山以北称为北路，天山以南称为南路，也即今天俗称的北疆和南疆。北疆主要为准噶尔所据，南疆主要为回部所据，回部是指当时居住于此的维吾尔族，因他们信奉伊斯兰教，而伊斯兰教在中国又被称为回教，故有此名。
明朝中后期，印度莫卧儿帝国创建者巴布尔的一个远房亲戚，在结束了一段追随巴布尔征战阿富汗的不成功经历之后回到了天山南路，并在那里创建了叶尔羌汗国。
他们的内部有两个敌对教派，一为黑山派，二为白山派，叶尔羌汗国的末代汗王信用黑山派，赶走了白山派。白山派北上投靠准噶尔，准噶尔当时正值崛起之际，于是趁机南下，灭掉了叶尔羌汗国。
以后天山南路又历经多次各种形式的冲突，两大教派首领纷起割据，各自为政，准噶尔遂再次举兵予以征服，征服后他们转而采取了扶持黑山派的政策，将“多权术，善收人心”“欲背准噶尔而自立一国”的白山派首领玛罕木特押到伊犁囚禁起来。玛罕木特在被关押时生了两个儿子，长子叫布拉尼敦，次子叫霍集占。
当地人称他们为大小和卓，所谓和卓，是对于一些头面人物的尊称，其实际的本质和首领差不多，只不过是借助了宗教当中的一些含义。玛罕木特含恨去世后，准噶尔生怕大小和卓返回天山南路后生事，仍将他们继续禁锢于伊犁。
在第一次平准战争末期，准噶尔汗王达瓦齐逃往南疆，为当地首领霍集斯擒捉并献于清军，霍集斯因而受到清廷信任。霍集斯与黑山派处于对立状态，他向定北将军班第建议说，大小和卓在回部深得人心，如果让他们出面招服当地部族部众，南路必能不战而定。班第深以为然，经乾隆同意，将大小和卓予以释放，随后便派兵护送大和卓布拉尼敦返回故里，而小和卓霍集占则留在伊犁，继续统领当地故人。
布拉尼敦返回南路后，在霍集斯家族和白山派的支持下，很轻易地就击败了黑山派军队，重新掌控南路。乾隆君臣以为这样一来，和平统一天山南路的道路将会变得极其顺利，但事与愿违，大、小和卓及其白山派其实只是想利用清廷之力恢复他们的权势，内心并不情愿将天山南路纳入清朝版图，受中央政府管辖。在阿睦尔撒纳发生叛乱时，留在伊犁的小和卓霍集占就“率众助逆”，积极参加了叛乱，中途因为与准噶尔人发生矛盾才率众逃往天山以南。
其时定边右副将军兆惠奉命驻守伊犁，发现大、小和卓有叛乱迹象，“布拉尼敦似属恭顺，霍集占素不安分”，他立即上奏朝廷，主张派副都统阿敏道进兵南疆。此时阿睦尔撒纳尚未落网，准噶尔也不稳定，乾隆一方面还腾不出手来处理这些问题，另一方面对和平解决回部尚抱有希冀，因此加以制止，要兆惠首先进行招抚。
正如兆惠先前所观察到的，大、小和卓对于反清的态度本来是不太一样的。小和卓霍集占被认为是反清的积极宣传者，与之相比，大和卓布拉尼敦还算识得利害，对清朝让他获得自由，又帮助他回到天山南路也尚心存感激，所以打算“招集部族投顺天朝”。他对霍集占说：“我们从前受辱于准噶尔，要不是靠天朝之力，怎么可能复归故土？这种恩情不能忘，再说我们也打不过天朝啊。”
布拉尼敦话一出口，立即遭到霍集占的反驳：“你我兄弟二人被准噶尔禁锢了好多年，到今天才得以回归故土，如果听大皇帝（指乾隆）谕旨，你我二人中必定将有一人被召至北京作为人质，那与被准噶尔禁锢有什么区别呢？”
霍集占所言其实根本站不住脚，接受清廷招抚与被准噶尔禁锢完全不同，乾隆亦绝无可能让他们兄弟中的一位去北京充当人质——自古以来，只有拿儿子做人质，哪有拿兄弟做人质的道理？兄弟恰恰是权力的竞争者，被人拿去做人质，形同是帮剩下的那位清除竞争对手，他还求之不得呢，又谈何牵制！
可恰恰是霍集占的这番话把布拉尼敦给吓住了。霍集占接着又趁热打铁，分析说准噶尔已灭，附近也没有其他强邻，正好可以收罗各城，谋求割据，不然将永久受制于人，“我方久被准夷（指准噶尔）所困，今属中国（指清廷），则又为人奴，不如自长一方。”
霍集占野心极大，他既怕参与阿睦尔撒纳叛乱一事受到追究，同时也像准噶尔那些降而复叛的首领一样，被阿睦尔撒纳叛乱所鼓舞，认为清军忙了半天，却还是被耍得团团转，证明并无能力控制西北，这正是他们谋求割据的良机。基于这种认识，他除极力煽动布拉尼敦外，还给对方打气，称南疆地险路远，清军征伐不易，不是说来就能来的，而且就算真的要征伐，也会受部队疲惫、粮运不继之困，最后终将不了了之。
霍集占虽然后来才赴天山南路，但权力地位却在乃兄之上，加之能言善辩，使得布拉尼敦最终接受了其蛊惑，决定拒绝招抚，与清朝分庭抗礼。大、小和卓于是一面召集部众，举行独立式，一面传檄各城，要求收拾好鞍马兵器，戒严以待。
事情叙述到这里，其实海宁早就已经猜到，乾隆早晚都得面对这两个人的挑战。远征准噶尔对于清朝军队来说确实是一场严峻的挑战，所以乾隆皇帝的花招难免就多了一些，这自然给了某些人以绝佳的机会，毕竟乾隆皇帝只不过是一个站在经济自动恢复所创造出来的虚假胜势上的一个统治者而已。他其实并没有什么才华可言准确的说在人类历史上劳动者的智慧拼接起来的财富，向来不是少数统治者的智慧能够诠释的，他们根本也没有这个能力去引导劳动者，只知道欺世盗名沽名钓誉而已。所以那样只打台塑的统治者肯定会给这些人送上机会。无论历史怎么改变，只要乾隆不死这种事情就不会断绝。
可惜，海宁现在还不能让乾隆死。
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