底舱的最上层已经按照赵昺的规划分成了左中右三个部分。左、右两舷每侧开出了三十个炮门，用以安置轻型连发弩炮；中间部分则被分割成六十余间隔间，用于炮手和水手休息之用，足以安排下千百人居住；船艉部分则改造成大厨房，可以供应上千人的伙食；在舱顶每隔一段便开有三尺见方天井，以方便通风和采光，下雨时可以关闭。
甲板以上本有四层建筑，赵昺将四层拆除，以增加船的稳定性。一层的女墙予以保留，但底部被改造成活门，平日里将弩炮藏于其中，避免风吹日晒增加损耗，战时沿轨道推出用卡榫固定便可发射。船艏和船艉甲板各布置两架重型弩炮；两舷则各布置中型弩炮十五架，间隔安排安排三架重型弩炮，战时还可根据需要进行调整。而一层内部则分隔成大小不等的房间，分别作为战兵的休息场所和存放武器弹药的仓库。
船上原有的拍竿和投石机都被拆除，改由弩炮代替。重型弩炮可攻击远程目标，中型弩炮则是进入三百步以内的目标，而连发弩炮则是二百步以内的近距离目标。这样的安排使这艘船具有了远中近三层打击能力，而这种万石船本身就是一件武器，有足以碾压一切敌船的能力，即便是三千斛的大型船只也经不住它的撞击。
战船的上层建筑面积呈塔状，二层的面积也随之递减，但是依然不小。这里是作为赵昺和随行人员的生活和工作区域，大致被分成三个部分。前半段是工作区，设有议事厅、大书房和帅府随行官员的办公兼休息室；中段则是侍卫和杂役的生活区，并设有独立的厨房和仓库。
后部则是赵昺的专属区域，分别设有小书房、工作间、起居室和小厨房，和专供轮值小黄门使用的‘保姆房’和杂物间。这里设有单独的通往三层及下层的独立舷梯，各个通道有侍卫二十四小时值守，没有允许任何人都无法进入。当然这些都是他的前两任使用者留下来的，周翔只是对其中部分根据需要略作改装。现在二层基本已经修改完毕，只等油漆上彩了。
“这里够宽敞，不过也太过奢侈了！”赵昺进了自己的专属区，摸摸门上的金质贴花皱皱眉说道。
“诶，也只有这样才配的上殿下的身份吗！”周翔笑着说道。
“这样不好，你让工匠们将这些金饰都取下来、熔了，作为修船的资费，本王不用如此奢侈。”赵昺摇摇头道，他看看屋中的金饰无处不在，目及之处估摸着就能有上百两之多，看来自己的两位前任都十分喜欢这黄白之物。
“殿下，你再来看这里！”周翔神秘地笑笑，在书房的一面墙边摆弄了片刻，拉开一扇暗门道。
“这里都是什么？”赵昺只觉眼前一片金光，亮的晃眼，他急问道。
“殿下，这里都是刘深的私用之物。”周翔指点着说道。
“哦，不是已经让人将船上的财物全部交给帅府公用了吗？怎么这里还有许多。”赵昺走进去，只见足有三、四十多平米的屋子中堆满了各式金银器具，仅金盘、银碗、金烛台都够凑一桌大餐所用，他翻看一下还发现了刘深那只传说中的金夜壶。而墙边还摞着十几口大箱子，看样子里边的东西也都是值钱的东西。他被吓住了，颤声问道。
“殿下，船上的财物都经总计局登记上缴了，这里只是刘深私人所在，里边的物品都是船上的摆设和应用之物，不能算作敌资，便留下了。”周翔小声地说道。
“是不是你的主意？”赵昺厉声问道。
“殿下，不是……也是，是属下和庄主事的主意，他说殿下最近内府中开销很大，留下这些东西也不算私藏缴获，属下便也同意了。若是殿下觉得不妥，那……”周翔被吓了一跳，结结巴巴地认了。
“你说的都是实话？”赵昺绷着脸继续问道。
“是……句句是实，殿下若不信，可以去问庄主事！”周翔被问懵了，不知道殿下是问自己说没说实话，还是庄世林说的是不是实话，一咬牙也来个糊涂来糊涂去。
“殿下，这真是把宝刀！”
“哦，我看看！”赵昺扭过头来便看到倪亮手里拿着把刀，他凑过脸看看，只见刀身闪亮没有一丝锈迹，却散发着逼人的寒气，刀锋极薄中隐含着丝丝暗黑的花纹。而刀柄是整块白玉雕琢，上面镶金嵌银，缀着宝石，看着就不凡。
“倪统制这是识货，刀多半是出自金人的内监，刀身是用的上好镔铁，又经过千锤百炼打造而成，不仅能吹毛断发，也能削铜断铁。这刀过去都是女真皇帝专门下诏让名匠打造，除了自用也只赏赐给功勋之将的，十分难得，却不知刘贼从哪里得到的！”周翔将作监出身，对武器当然十分在行，一打眼便看出来历。
“喜欢吗？”赵昺抬头问倪亮。
“嗯！”倪亮使劲点点头嗯了声。
“好，那便给你了。刘深行伍出身，定收藏了不少好家伙，你再找找可还有喜欢的，一并拿走！”赵昺大方的说道。他知道这小屋里所藏定是刘深多年积藏之物，而此次他们追击朝廷，俘获的战船就有数百艘，里边不乏装载宫中之物的船只，其这是发了横财的，没想到反而便宜了自己。
“殿下，可有喜欢的东西？”周翔暗松口气，只要这‘傻家伙’喜欢，殿下便不会说什么了。
“现在哪里有时间翻看，以后有空再说吧！”赵昺舔舔嘴唇道，他的原则是有财不发那是王八蛋，现在他们如此孝顺，自己哪有不收之理，但还是摆出一副愠怒的样子。可周翔彻底放心了，殿下的意思是笑纳了，不会追究自己的。
倪亮又挑了一把弓，拿了把匕首，金银之类的东西一样没要。而周翔待人都出来后重新关好门，又亲手将门钉死，以示自己绝无觊觎里边财物之心，只待殿下再自行开启。三人又循梯上了三层，这里便是整个船的指挥枢纽，一切命令都是从这里发出，上面不仅设有指挥所，还驻有战兵，他们可以居高临下的射杀靠近船只的敌兵……
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