杨秀到达长安后立刻就被关押入内侍省。
杨秀求见杨坚，但杨坚根本不见他。对于杨秀最大的来说，最大的悲剧是我把你当父亲，你却不把我当儿子。
这时才有人把杨秀之罪偷偷告诉他，诅咒天子，结交异族，谋杀大将，构陷兄弟，结党营私，截杀官差，蓄养死士，图谋不轨······杨秀感到天旋地转，这怕是天底下有的罪都加到他的身上了，真是罄竹难书啊。
杨秀不禁自言自语道：“我真有这么坏吗？”
说他是逆子，他认了；说他有天子制式的车队，他也认了；但是说他搞那么些旁门左道，要整死父亲和弟弟，那是绝无可能，他死也不认。
杨秀整日在内侍省大吵大闹，终于激怒杨坚。杨坚派人痛斥杨秀的罪行。
杨秀谢罪说：“我承受国恩，出京当藩王，不能遵守法令，真是罪该万死！”但是杨秀坚决不承认自己的罪行。
次日朝会上，杨坚当着众人的面，宣布了杨秀的罪状，他显得愤怒无比，在朝堂上扬言要处死他。
杨广这时候立刻在朝堂上痛哭流泪，代杨秀谢罪。杨谅见自己这位兄长如此狡诈，心中鄙夷，然后也跪在地上，请求代杨秀之罪。
“阿耶，念在四弟年幼的份上，就饶了他吧！”
“阿耶，四兄不过是一时糊涂，绝无害阿耶之心！”
兄弟俩两个好助攻，一番表演，赢得了满堂喝彩，却是把杨秀的罪给坐实了。杨秀是悲愤莫名，却是说不出话来。
众人也劝杨坚要慎重，毕竟杨秀罪状也清，很多东西都是主观臆断。
杨坚这时候早就不听劝了，便对众人说道：“往日秦王杨俊浪费财物，朕用为父之道训导他。今日杨秀阴谋作乱，朕要用为君之道惩处他。”
杨坚这逻辑，真是神了。杨俊那里就是为父之道，到了杨秀这里就成了用为君之道。惩处儿子用为君之道，说明杨坚根本没有把杨秀当成亲儿子。
众人听了面面相觑，也没人劝说，你父子之间的事，你自己处置就好。
这时开府仪同三司庆整劝谏道：“慜太子已被废黜，秦孝王已经去世。圣人儿子不多，何必如此处治？而且蜀王生性耿直，被严肃处理，恐怕不能自我保全，望圣人网开一面。”
也不知道庆整到底是谁的人，劝人是直接往杨坚心口上捅。杨坚听到庆整的话是勃然大怒，大骂道：“若不是朕网开一面，早应当将杨秀推到街市斩首，以便向天下百姓谢罪。”
庆整跪在地上不停地叩首，杨坚便让人捉拿庆整，要割掉他的舌头。众人劝谏乃免，但再也没有人敢替杨秀进言。
因此杨秀被交与执法人员审讯，杨坚命令杨素、苏威、牛弘、柳述、赵绰等人，详细审问，严肃处理。
其实详细审问也没有什么可审问的，除了“违犯制度，超越规格，车马服饰，均比照天子所用样式添置”这些罪状，杨秀其他事一概不承认。
杨素故意把杨秀怨怼的话送给杨坚，杨坚看到气得直言：“天下难道有这样的事吗？”
七月十日，杨秀回京第六日，被问罪第三日，杨坚以杨秀“心含怨怼，阴谋作乱，违逆人伦”的罪名将杨秀废黜为庶人，同时将其软禁在内侍省，不得与妻子儿女相见
也不知道杨坚心中到底是多变态，竟然派遣丑陋凶恶的婢女二人，供他驱使。受杨秀牵连获罪的有一百余人。
杨秀虽然被废，却是死活不认罪。对于朝廷对他的控诉他一概不承认。杨素没有办法，只得令人不断地羞辱杨秀，以折磨他的意志。
后来杨秀实在撑不住了，便给杨坚上表道：“我因为幸运，成为圣人的儿子，承蒙父母抚养长大，九岁就得到了荣华富贵，只知富贵享乐，从未忧惧过。我轻易地放纵我这颗愚笨的心，落到这个地步，我辜负圣人山岳一样高的大恩，心甘情愿地去死。不料天恩还可让我有余漏，到如今这地步，我才知道愚心不可放纵，国法不可触犯，我扪心问罪，真是来不及改过自新。我还想分身有术，竭尽余生，稍稍报答一下父母的养育之恩。但因神灵不保佑，我的福分爵禄完了，夫妻团聚，不可能了。只怕我长辞人间，永归地府，伏请圣人，赐我怜悯，在我死之前，让我与我的儿子瓜子见上一面。然后请你赐我一个墓穴，让我的尸骨有个去处。”
杨瓜子便是杨秀的小儿子，最是得其宠爱。
杨秀也是害怕，当初杨俊死后，杨坚甚至剥夺了杨俊儿子丧主的身份。他怕自己沦落到和三兄一样，落得个死了儿子都不能主祭的下场，孤零零踏上黄泉之路。
杨秀这份信，有怨怼，有乞求，不过他已经不是亲王了。作为杨坚的亲儿子，杨坚怎么也得显一下慈爱之心。
可惜杨坚真不是一个好父亲，对于自己的儿子简直就跟仇人一样。五个儿子亲手搞死三，四个弟弟，除了亲手养大的杨爽，都跟他关系不睦。杨坚这种人，天生的孤家寡人，不当天子都可惜了。
也不知道杨坚到底怎么这么嫌弃杨秀，竟然回应了一番话，将他里里外外地不是，全部都数落了一遍。
杨坚下了一封诏书驳斥杨秀：
你从地位上说，是臣又是子；从感情上说，与家又与国相关。庸、蜀是重要的地方，朕让你去镇守。你却触犯纲纪，心怀恶意，幸祸乐灾。你小看皇宫和太子宫，等着这里发生灾祸。你容纳不法之徒，交结异端分子。朕有什么不和，你便等着，指望朕死了，你就起异心。皇太子是你的兄长，按长幼顺序也当立他。你却假托妖言，说他不能终其位。你装神弄鬼，又说你可惜不能入主东宫。你自称骨相不该当人臣，品德、功业应当皇帝。你胡说青城出圣人，想用自己当其位。你诈称益州出现了龙，假托是什么好兆头。你重述“木易”之姓，又修成都的宫室，胡说“禾乃”之名，以当“八千”年的皇运。
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