当三好军缓缓撤向桂川上游的时候，吉良军一片欢声雷动：“三好军撤退了！我们赢了！”
“我们赢了！我们赢了！”足轻们又哭又笑的抱成一团，武士们也丢下武具坐在满处疮痍死尸的草地上，他们真的累坏了，现在才发觉两条腿像灌铅一样沉重，像这样的武士还有许多，战场上散步的吉良军终于放松下来。
这时使番又客串军目付，大声喊道：“都起来！不要坐下！赶快统计战损和讨死人数，还有缴获的兵甲依次上缴！赶快起来！领赏钱可全靠这个了！别让六角家的混蛋捡便宜了！”
“对！不能让六角家捡便宜！”武士们连忙爬起来，招呼足轻们收拾自己的战利品。
战后的统计很快出来，近江四备战死两千两百人，伤残及失去战力者超过一千五百人，一共六千人的军势损失一半多的战力，每一个幸存者的身上都有伤，最轻的也是挂点彩，由此可见战斗有多么惨烈。
三河备战死五百，基本没有重残，但是负轻伤的有很多，这还是吉良家最精锐的力量，战死率都高达六分之一，如果不是专业训练和防具的保护，吉良军能赢下这场战斗的可能性微乎其微，恐怕战死人数将翻一番，也坚持不到三好家撤退，很可能要全军被歼灭在桂川北岸的河源之间。
此时太阳西斜，吉良军开始打扫战场营救存活的伙伴并给对方存活的人一一补刀，军目付开始统计首实检，京都来的医师忙着烧水为伤兵治疗伤势，吉良义时很快收到消息，丹波国人围攻八木城，丹波的粮道被切断，三好军会这么爽快的撤退也有这个原因。
经过统计三好家一共抛下五千多具尸体，其中有超过一千人是死在马迴和赤备的铁蹄下，只可惜双方都已力竭，如果任意一方还有余力追击，极有可能演变成一场崩灭，但这种可能永远不会存在。
三好长庆并没有急着赶回丹波，而是回到大营继续驻扎，双方都知道下面不可能再打了，吉良军战殁高达四成，三好军也战死近三成，最糟糕的还是断掉后路，面前还有吉良，六角的联军挡路，上洛夺取京都的梦想就此终结。
凭借俘虏三好长逸以及一千多名三好家军势的优势，足以让三好长庆投鼠忌器，同时京都的朝廷也开始活动，吉良义时的义兄、妹夫、未来大舅子，右大臣近卫晴嗣就在此时出现在吉良军大营，他过来第一句话就是恭喜吉良义时战胜三筑。
接着近卫晴嗣又说道：“三筑已经同意达成和睦，他承诺以后再也不与幕府对立！”
“三筑的承诺有几年有效期？”吉良义时冷笑一声。
“这个就不是你我能操心的了！能和睦就已经是万幸！”近卫晴嗣摇头失笑，又说道：“你还是先想想你自己吧！这几日连着三场合战，先破内藤宗胜一万五千，再破三好义贤一万，今日又击破三筑一万六千，你的武名不用多久就将传遍天下了！”
吉良义时苦笑道：“义兄看到我这满营伤病了吧？这可是真金白银堆出来的百战精锐，战殁近三千，真是元气大伤啊！”
“为了幕府，总是要付出一些代价的！”近卫晴嗣安慰道：“请义时相信幕府，相信朝廷，会为你一个公正的待遇。”
“但愿如此吧！”
随后几天里双方对峙，虽然武士们火药味很浓，但双方高层却已经心知肚明，合战是打不下去的，于是在右大臣近卫晴嗣的全力中介下，三好长庆与幕府达成和睦，和睦的条件是山城国支配权归幕府所有，胜龙寺城归还幕府，三好军全面退出山城国。
同时三好长庆还退让一步放弃细川氏纲，但是前提是要让细川晴元退位进入摄津国隐居，细川氏纲成为新一任幕府管领，三好长庆继续坐镇芥川山城担任管领代，当然这只是名遇上的管领，只能跟着三好长庆继续在芥川山城当个光杆司令。
看起来这个条件十分苛刻，甚至没有什么实质性的退让，但是实际上三好长庆也只是把自己获得的那一份领地合法化，山城国以及京都的控制权被三好长庆完全承认，等同于双方划定一掉实际分界线，幕府的山城国得到保障，而三好家也确定不会在几年内和幕府再发生冲突。
只是六角义贤有些不爽，他原本还想继承他爹的位置继续做管领代现在就这么废掉，可他也不想想，就凭他在桂川合战里的拙劣表现，足利义藤能让放心让他当管领代吗？没有吉良义时的奋战，这合议可能就换成他这位幕府公方，再次以屈辱的姿态逃出京都的结果。
当然，再大致议题结束后，三好长庆也不是没有付出代价，首先他以三万贯的天价赎回战败的三千五百名俘虏，还有负伤的内藤宗胜以及“屡败将军”三好长逸，同时又拿出三千贯和一千五百贯分别奉纳给幕府和朝廷。
将三好长庆的官位晋升为従四位下修理大夫，三好义贤也如愿以偿的获得了従五位下丰前守的官职，两位作为幕府御相伴众、御供众的地位被正室确认，并且还真的与足利义藤同一个房间里吃了顿饭，当然那顿饭肯定吃的很不愉快，事后足利义藤还狠狠的发通火才罢休。
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