至此，郑芝龙的通商范围广及东洋、南洋各地：大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、麻六甲、柬埔寨、暹罗。据估计，其兵员有汉人、倭人、朝鲜人、南岛语族、非洲黑人等各色人种，高达二十万人的军力，拥有超过三千艘大、小船的船队，成为华东与华南海洋世界的唯一强权。不久，郑芝龙应明朝廷要求，继续率军讨伐其他昔日结拜兄弟中仅存最大力量刘香，在虎门大获全胜，名震福建、官至都督。不久福建省发生旱灾，郑芝龙提议载饥民移台湾，并给予移民十分优惠的资助条件。台湾土地肥沃，因此而引发了汉人向台湾岛移民的浪潮，这是历史上首次大规模有组织的由大陆向台湾移民。当时荷兰东印度公司统治台湾南部，在大员（今台南市）修筑热兰遮城、普罗民遮城两城，驻防近两千人，但大陆移民却多达数万。此外的贸易商业，在日本锁国后，只许中国人和荷兰人前往贸易，郑芝龙借由对日本的贸易，更加富有。
1644年（崇祯十七年，清世祖顺治元年），南明弘光皇帝册封郑芝龙为南安伯，福建总镇，负责福建全省的抗清军务。1645年，郑芝龙、郑鸿逵兄弟在福州奉明唐王朱聿键为帝，年号隆武，郑芝龙被册封为南安候，负责南明所有军事事务，一时间权顷朝野，短短的几个月时光是郑芝龙政治生涯的顶峰。虽然有理想的唐王想打回自己的老家北京，但他这位不太有理想的部下并不打算北伐，郑芝龙认为：“明朝清朝一回事，不就是换个主子吗？”这为后来他投降清朝埋下伏笔。
顺治三年（1646年），郑芝龙见局面不利，不打算再继续支持南明隆武帝，遂与清朝洽商投降事宜，仅带心腹从人北上降清。其子郑森劝止郑芝龙未果，遂至孔庙哭庙、焚儒服，对自己的父亲说：“若父亲一去不回，孩儿将来自当为父报仇”，后率部出海入金门，继续反清。同年，清军攻克福建，擒隆武帝朱聿键，而投降清军的郑芝龙，却遭到南征主帅贝勒【博洛】的背约，移送到京师。芝龙被编入汉军正红旗，顺治五年（1648年）八月，以归顺封一等精奇尼哈番。顺治十年（1653年）五月，晋封同安侯。为安抚郑森，清朝对投降的郑芝龙优待有加，芝龙数次奉令命郑森归顺，森均坚辞不受，直到小皇子出此计策。
由此可见，先后归顺明朝打压兄弟、归顺清朝打压残明的郑芝龙，对“背信弃义”四字是多么熟悉和忌惮！
“森儿呀，为父也有难言之隐呀！”郑芝龙强忍心中恼怒，特别是想到那日在位育宫，皇上对自己的叮嘱。或者更准确的说，是那个不足半岁、神异圣婴皇子的意思才对——
“郑森不臣、不孝之心久矣，然同安王万不可意气用事。为今之计，唯有以君臣之礼、父子之情、母子之恩、兄弟之义、后世之福令其挂怀，以儒生之忠孝气节为其顾虑，以朝廷兵威之浩大使其忌惮，才可令其就范。他日平定台湾，郑氏一族将永为台湾镇守，朝廷只委派驻防将军、提督学政、布政使、按察使前往协理，后世子孙，皆可世萌王位，保世代优荣……”
想到这里，同安王郑芝龙继续露出一脸的关切和忧虑，慢慢说道：
“你可知假若你继续反清，势单力孤，必不久远。父王南下之前，朝廷已令大将军济度统兵十万，厉兵秣马，蓄势待发。再者，浙江巡抚秦世祯也已按朝廷示意，于浙江福建沿海招兵买马、广造战船。平南王尚可喜、靖南王耿继茂镇守两广，业已拿下新会，如今之势，于森儿可谓腹背受敌、南北受困，唯有顺势而为，暂驻福建，协力朝廷，平定东南。之后，我父子四人齐心协力，收复台湾，方可得一安身立命之所，也才能使子孙后世得享太平呀！”郑芝龙说完，扶起跪在地上的儿子，好看清他脸上到底作何表情。
见郑森面色戚戚、愁眉不展，郑芝龙心中大喜，知道他已经清楚明白自己这几万人马现在的处境，于是接着说道：“况且即使你兴兵北上，或可以暂得一时之逞，却终归难敌一国之力。那南明小朝廷，如今内斗不断，分崩离析只在须臾，森儿又何必愚忠于他？南明一亡，你如断臂膀，也只能遁走台湾了。与其这样，为何不借助朝廷之力，早日克定台湾，以为我郑氏根基？即使驻防将军、提督学政、布政使、按察使等朝廷官员前来协理，也是受制于你的管辖，正如他平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂一般，为政一方、得享荣华呀！”说完，郑芝龙十分淡定从容的坐回自己的主座，抱过那把跟随自己数十年的西班牙五弦木吉他，自顾自弹奏起那首最爱的舞曲，伴随着旋律的明亮欢快和抑扬顿挫，有意无意观察自己儿子的脸色变化。
郑森何尝不知他父亲所言不虚。自从顺治皇帝和自己的父亲一起祭拜崇祯、布告天下之时，他郑森，就已经如架上羊羔，无一日不被煎烤——兴兵起事，陷自己父亲兄弟于水火；按兵不动，又无奈南明朝廷和大西军的裹挟威逼。更可恨的是，顺治皇帝居然说，自己可以弑父反清，却又不和自己正面交锋，而是要等到收复台湾、驱除洋夷之后，再来所谓“华夏勇士、一争高下”！也就是说，自己弑父可以、反清可以，但，你扰乱东南，妨碍朝廷收复台湾，你就是华夏万民的罪人！作为一个自诩为华夏正统的大明国姓爷，手下兵将和黎民百姓对这一点是不能容忍的！为今之计，也只能顺势而为、做了这个海澄王了！想到这里，郑森露出了决绝之色，“哗啦啦”一声拔出佩刀，倒是立即让那一边的西班牙吉他舞曲出现了一个大大的破音，一旁的两位弟弟，也是吓得不知所措。
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