趁着刚发下奖励士气高昂，任思齐决定把编制再重新整理一下。现在岱山岛任思齐属下人数近五百人，有原来就追随的几十名船员，有主要由岱山百姓组成的一百乡兵，有从日本长崎招募的二百多明人移民，还有五十多名日本流浪武士，可以说是成分复杂、人数众多。
其人数远远超出了一个巡检司正常的编制，在明代巡检司多设在交通要枢，远离城市之处，负责查问行人、缉拿逃犯等。当然在海岛上的巡检司一个重大的职能就是缉拿海盗。在舟山群岛，海盗众多，这也是岱山巡检司能够重建的原因。
巡检司的编制通常是巡检一名，从九品，是刚入流的小官。另外会有书吏两名，弓兵数十人到百人。现在任思齐手下的人数远远超过了一个巡检司该有的人数。
经过仔细思考以及和茅十八等人商议后，任思齐决定把手下分成两大块。一是水师，主要九条大船组成，职责是巡查岱山附近海面，打击海盗，进行远洋贸易。二是陆师，主要以晋玉飞统领的一百乡兵构成、职责是防守岱山，配合水军打击海盗。
水师共九条船，每条船确定编制，最大的一艘荷兰船“公主号”因为上面火炮众多，编制人数最多，共有60人，作为任思齐的新旗舰。“飞鱼号”原有六门火炮，从“公主号”上又调来六门，现在共十二门大炮，编制人数48人。其他三桅福船每船定编36人。这样算下来，光是九条大船编制就达300人。
每条大船设管带一人，总领全船，并设火长、司库等职务，所有船员分成见习船员、普通船员、副主管、主管、总管五级，情形一如以前。除了“公主号”由任思齐直领外，任命茅十八为“飞鱼号”管带，司马南为“福春号”管带，其他各船均有经验丰富的老船员任管带。
在陆军方面，原来的一百乡兵晋玉飞和门罗训练的很好，采用的是西班牙长枪方阵的编制，士兵分长枪手和火枪手两种。任思齐打算在原来的基础上进行扩充，扩编到三百人。
任思齐现在已经是岱山巡检司的巡检，理论上已经是岱山岛的最高长官，虽然没有管辖各村的权力，但却有征调民役的权力。其实按照明朝的制度，巡检司的士兵并不是真正的士兵，而是叫做弓兵。弓兵并不是士兵，而是征调的民夫，在古代，百姓们除了缴纳皇粮国税意外，还要服各种徭役，在巡检司服役就是其中一种。服徭役自然是没有薪水可拿的，可是现在任思齐却给每个属下都发薪水，并没有把他们当作民役，而是和自己属下船员一样待遇。相信这种待遇下，岱山各村的百姓都会乐于服役的，把陆军扩编为三百人问题不大。
至于陆军的编制，在和门罗晋玉飞商议后，任思齐决定采用如下编制：12人一小旗，长官就叫小旗；4小旗为一总旗，长官称总旗，另有一传令兵，共50人；3总旗为一队，长官称队正，另有传令兵，炊事兵等，共160人左右。
人数所限，任思齐决定先编制两队弓兵，一队由晋玉飞任队正，另一队则由荷兰人门罗任队正。任保全、汤尼、沙比拉、任丽坤等人充作总旗。
当然现在人数不足两队弓兵，需要从岱山岛各村征调民役，任思齐也不急，现在只需要把军队的架子搭起来，以后慢慢扩充就是。
再就是对军队的掌控问题，在明朝后期，朝廷军队编制非常混乱，军队的战斗力极差，不管是面对李自成等农民军也好，还是面对关外的清兵也罢，都被打的稀里哗啦。一支万人的大军中真正有战斗力的往往只有主将的几百亲兵，而且明朝后期的军队还有一个非常不好的地方，就是兵为将有，朝廷对军队的掌控非常的差，在明朝后期造成了军阀众多，前有吴三桂等关宁铁骑，后有南明江北四镇。主将生异心的话，整个军队都会跟着造反。
任思齐当然不允许以后自己的军队出现这种情况，自己辛辛苦苦建立的军队，得完全由自己掌控。所以任思齐决定借鉴后世人民军队，在一个军队中设立双主官。例如一个队，除了设立队正一职外，任思齐决定在设队监一职，也就是监军，相当于后世的政委，队正和队监平级不分大小。战斗训练之事由队正负责，生活纪律方面则归队监管。这样的话，两个人相互制衡，就没法生出异心来，任思齐也能保证对军队的掌控。
任思齐任命安东尼为第一队的队监，和晋玉飞一起掌控第一队。任命任兴凡为第二队的队监，和荷兰人门罗一起掌控第二队。
除了这以外，任思齐在每一队设镇抚一职，掌军纪军法。任命曹长江为总镇抚，掌管整个陆军军法。
既然在陆军采用双主官，那水军也同样。每一条船，除了管带以外，任思齐另外任命了船监。管带负责行船作战，船监则负责生活，负责对管带进行监督。
这一整套系统繁杂无比，任思齐带着识字的任兴凡宋立本等人弄了多日，才把这一整套编制形成文字条例。然后把命令宣布了下去。
随着命令宣布下去，各主官各自上任。任思齐也只是自己宣布了每一条船每一个队的主要职位的任命，具体到各职位例如每一条船的舵手，则需要各主官自行任命。
这下整个高亭镇一下子噪乱了起来，茅十八等各船管带船监急急忙忙的寻觅着自己船上各职位合适的人选，各船员也都暗自思量着自己能做的职位，找着各自的关系。
足足用了十天的时间，各船职位才重新理顺，所有人都找到了自己的位置。
又花了几天时间，每个队每条船的花名册才算编制完成。看着面前厚厚的名册，任思齐长出一口气，有了这几本名册，任思齐觉得自己才算完全掌控了所有属下。
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